KSHH bashkëpunon dhe bashkërendon punën e tij me organizata të shoqërisë civile, institucione publike, si dhe me programe e organizma bilateralë, multilateralë, apo privatë ndërkombëtarë që veprojnë në fushën e mbrojtjes, promovimit dhe zbatimit të të drejtave të njeriut në Shqipëri. Edhe pse disa prej këtyre organizatave mund të jenë konkurrente me KSHH në një farë mase dhe për çështje të caktuara, KSHH ndjek gjithnjë linjën e bashkëpunimit dhe të bashkërendimit me ta. Ndërkaq, KSHH ka nënshkruar marrëveshje bashkëpunimi me disa institucione kryesore publike.
KSHH është anëtare e: Rrjetit të Klinikave Ligjore Falas në Shqipëri; Rrjetit Shqiptar të Organizatave për Mbrojtjen e të Drejtave të Njeriut; Platformës së Solidaritetit të Shoqërisë Civile pranë Këshillit të Evropës, si dhe të Rrjetit të Organizatave për Mbrojtjen e të Drejtave të Njeriut në Ballkan që buron nga kjo Platformë.
Organizatat e institucionet kryesore, me të cilat KSHH bashkëpunon më së shumti janë si vijon:
i. INSTITUCIONET PUBLIKE:
ii. ORGANIZATAT E SHOQËRISË CIVILE:
iii. INSTITUCIONE AKADEMIKE:
Universiteti i Tiranës, Universiteti “Marin Barleti, Universiteti “Luarasi”; Universiteti “Ismail Qemali “ Vlore, Universiteti “F.Noli” Korçe
iv. PROGRAME DHE ORGANIZATA NDËRKOMBËTARE:
Donatorët kryesorë që kanë përkrahur punën e KSHH në tri vitet e fundit janë: